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Epidat

 

Epidat es un programa de libre distribución desarrollado por instituciones públicas y dirigido a epidemiólogos y otros profesionales de la salud para el manejo de datos tabulados.


El proyecto se inició en 1991 en la Dirección Xeral de Saúde Pública de la Xunta de Galicia como respuesta a la necesidad de tener una calculadora para consultas estadísticas y epidemiológicas básicas, debido a la escasez y poca accesibilidad de programas de este tipo. El desarrollo del Epidat se integró en el marco de un convenio firmado por la Organización Panamericana de la Salud (OPS) y la Consellería de Sanidade de la Xunta de Galicia con el objetivo de colaborar en tareas de investigación en el área de la salud. La primera carta de entendimiento, de renovación anual, se firmó en 1993 y en diciembre de 1994 salió la versión 1.0, que era una calculadora básica en entorno DOS. Esta primera versión de Epidat se distribuyó a demanda y, en particular, tuvo una fuerte distribución en Brasil, debido a que se presentó en un congreso de la Sociedad Latinoamericana de Epidemiología que se celebró en Bahía en 1995.


La versión 2.0, ya en entorno Windows, apareció en 1997 y en 1998 empezó a distribuirse la versión multilingüe 2.1, que permite seleccionar entre Catalán, Español, Gallego, Inglés y Portugués.


En el año 2000 se firmó un convenio plurianual de 4 años entre la OPS y la Consellería de Sanidade, al amparo del cual se ha desarrollado la versión 3.0. El grupo de trabajo de Epidat 3.0 es un equipo multidisciplinario en el que participan epidemiólogos, estadísticos e informáticos de Galicia, OPS y Cuba, y que ha seguido un protocolo de trabajo definido para la selección de pruebas, algoritmos, programación y ayuda.


En el año 2005, tras un detallado proceso de revisión de Epidat 3.0, surgió la versión 3.1 que, además de correcciones a errores y deficiencias detectados, incluye la opción del idioma para elegir entre Español, Gallego, Inglés y Portugués.

 

En el año 2012 se actualizó a la versión Epidat 4 con las siguientes novedades:

  • Está disponible el módulo de Análisis bayesiano
  • Se actualizó la ayuda general del programa
  • Se actualizó el editor de gráficos
  • Se actualizaron los módulos de Ajuste de tasas y concordancia y consistencia

 

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Epilinux

 

EpiLinux es un Sistema Operativo, de libre distribución, especialmente orientado a la utilización de herramientas de análisis epidemiológico y bioestadístico.

EpiLinux es una distribución completa de Linux. Está basado en Ubuntu y Debian GNU/Linux, con entorno de escritorio KDE, en la que se ha incluido, entre otros programas, una recopilación de software para la realización de estudios de salud: desde herramientas ofimáticas (OpenOffice, ...), software de Internet (Firefox, ...) hasta programas específicos de bioestadística, de análisis de datos y epidemiológicos (PSPP, R, SciLab, Octave, QGIS, EpiGrass, ...)

Como complemento al software nativo, EpiLinux dispone del emulador WINE, que permite ejecutar software diseñado para Windows en su propio entorno. Funciona como un "cargador" para Linux de programas basados en las API Win16 y Win32.

EpiLinux se puede utilizar como un sistema "Live" y ejecutar directamente desde el CDROM evitando, así, la interacción con instalaciones previas de otros Sistemas Operativos. También se puede instalar en el disco duro del equipo. Para cargar EpiLinux basta con indicarle al equipo que arranque desde la unidad de CD/DVD. Una vez que se ha iniciado el sistema, desde el menú principal, podemos elegir entre utilizar la versión "live" o instalarlo en disco. (user y password: epilinux).

Este software se distribuye bajo licencia GNU GPL. Animamos a copiarlo y compartirlo libremente.

EpiLinux es un proyecto conjunto de la Dirección Xeral de Saúde Pública de la Xunta de Galicia, la unidad de Bioestadística del Departamento de Estadística e Investigación Operativa de la Universidad de Santiago de Compostela y del Grupo de Investigación MTM2005-00818.

 

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Paquetes en R


Nombre: p3state.msm

Autores: Luís Meira-Machado and Javier Roca-Pardiñas

Descripción: p3state.msm provides functions for estimating semi-parametric regression models but also to implement nonparametric estimators for the transition probabilities. The methods can also be used in progressive three-state models. In progressive three-state models, estimators for other quantities such as the bivariate distribution function (for the sequentially ordered events) are also given.

http://cran.r-project.org/web/packages/p3state.msm/p3state.msm.pdf

Nombre: TPmsm

Autores: Luís Meira-Machado

Descripción: Librería para el package estadístico R, llamado TPmsm, para la obtención de estimaciones paramétricas y semiparamétricas de las  probabilidades de transición en modelos de multiestado com tres estados.

http://CRAN.R-project.org/package=TPmsm

Nombre: PMICALC

Autores: José I. Muñoz-Barús, María Sol Rodríguez-Calvo, José M. Suárez-Peñaranda, Duarte N. Vieira, Carmen Cadarso-Suárez, Manuel Febrero-Bande

En medicina legal la determinación correcta de la hora de la muerte es de suma importancia. Los recientes avances en la estimación del intervalo  post-mortem (PMI) han hecho uso de la química del  humor vítreo  en conjunción con la regresión lineal, pero los resultados son cuestionables. PMICALC, es un código R-based freeware, un paquete específicamente que estima PMI en cadáveres de muerte reciente,  a través de las medidas de concentraciones de potasio ([K+]), hipoxantina ([Hx]) y urea ([U]) en el humor vítreo usando dos diferentes modelos de regresión: Modelos Aditivos (AM) y Support Vector Machine (SVM), que ofrecen más flexibilidad que el utilizado previamente de  Regresión lineal. Los resultados de ambos modelos son mejores que los publicados hasta la fecha y puede dar expresión numérica de PMI con intervalos de confianza y apoyo gráfico en 20min. El programa también toma en cuenta la causa de la muerte.

http://eio.usc.es/pub/febrero/software/software.html

Nombre: genSurv

Autores: Luís Meira-Machado

Descripción: Librería para el paquete estadístico R, llamado genSurv, desarrollado  para la simulación de datos de supervivencia para el modelo de mortalidad (de dos estados) y para el modelo illness-death progresivo.

http://CRAN.R-project.org/package=genSurv

Nombre: smoothHR

Autores: Meira-Machado L., Araújo A., Cadarso-Suárez C., Gude F.

Descripción: an R package for pointwise nonparametric estimation of hazard ratio curves of continuous predictors.

http://cran.r-project.org/web/packages/smoothHR/smoothHR.pdf

Nombre: ROCRegression

Autores: Rodríguez-Álvarez, M.X., López de Ullibarri, I., Cadarso-Suárez, C.

Descripción: paquete del software R  que permite la evaluación de efecto  de covariables en la capacidad de discriminación, medida a través de la curva ROC de un marcador continuo.

Nombre: npROCRegression

Autores: Rodríguez-Álvarez, M.X., Roca-Pardiñas, J., Cadarso-Suárez, C.

Descripción: Incorporación de covariables dentro del análisis ROC desde una perspectiva no paramétrica.

Nombre: OptimalCutpoints

Autores: Mónica Lopez-Ratón and María Xosé Rodríguez-Álvarez.

Descripción: Computing optimal cutpoints in diagnostic tests.

http://CRAN.R-project.org/package=OptimalCutpoints

Nombre: catpredict

Autores: Barrio, I., Aróstegui, I., Rodríguez-Álvarez, M.X., Quintana J.M.

Descripción: Categorización óptima de variables cuantitativas para su incorporación en modelos de predicción.

 

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